در سال ۱۳۴۴خورشیدی مقارن با ۱۹۶۵ میلادی، ایران با وجود نداشتن تشکیلات بهرهوری، به عضویت سازمان بهرهوری آسیایی (APO) درآمد. در سال ۱۳۶۷ مجلس شورای اسلامی تمدید عضویت ایران در سازمان بهرهوری آسیایی را مورد تصویب قرار داد و وزارت صنایع سنگین وقت، مسؤلیت دبیرخانهای آن را به عهده گرفت. تشکیلات بهرهوری به طور مستقل در سال ۱۳۷۱ راهاندازی و در سال 1372 «سازمان ملی بهرهوری ایران» به طور رسمی در قالب یک شرکت وابسته به دولت تشکیل شد. در سال 1377، بر اساس مصوبه شورای عالی اداری کشور، شرکت «سازمان بهرهوری ملی ایران» با توجه به جایگاه فرابخشی آن، از وزارت صنعت و معدن منفک و به سازمان امور اداری و استخدامی کشور ملحق شد. سپس در سال ۱۳۷۸ با ادغام سازمان امور اداری و استخدامی کشور و سازمان برنامه و بودجه و تشکیل سازمان مدیریت و برنامهریزی کشور، مالکیت شرکت «سازمان ملی بهرهوری ایران» به این سازمان انتقال یافت و در سال 1384، شرکت مذکور منحل و سپس در سال ۱۳۸۵ «مرکز ملی بهرهوری ایران» ایجاد شد. در سال۱۳۹۰ براساس ماده ۷۹ قانون برنامه پنجم توسعه، «سازمان ملی بهرهوری ایران» به عنوان مؤسسه دولتی وابسته به معاونت برنامهریزی و نظارت راهبردی رئیسجمهور و با استفاده از امکانات قبلی ادامه فعالیت داد. پس از احیا و تجدید ساختار دوباره سازمان مدیریت و برنامهریزی کشور در سال ۱۳۹۳، سازمان ملی بهرهوری ایران به عنوان یکی از سازمانهای تابعه سازمان مدیریت و برنامهریزی کشور به انجام مأموریتهای خود پرداخت. از تاریخ 1395/7/27 با تصویبنامه شورای عالی اداری به شماره 792054، «سازمان ملی بهرهوری ایران» به عنوان سازمان وابسته به سازمان اداری و استخدامی کشور و تنها نماینده سازمان بهرهوری آسیایی در کشور فعالیت مینماید.
فلسفه وجودی سازمان ملی بهرهوری ایران، راهبری «حرکت ملی بهرهوری» به منظور «ارتقای مستمر بهرهوری» و در نتیجه تحقق پیشرفت پایدار ایران و تمدن نوین اسلامی میباشد.
سازمان فلسفه وجودی خود را از طریق موارد ذیل محقق مینماید:
سازمان ملی بهرهوری ایران با باور به ارزشهای محوری ذیل، خود را متعهد به رعایت و لحاظ این ارزشها در تدوین، اجرا و ارزیابی کلیه اهداف و برنامههای خود میداند.
با اتکال به خداوند متعال و استعانت از حضرت بقیةاللّهالاعظم (عج)، سازمان ملی بهرهوری ایران در افق 1405 هجری شمسی موثرترین نهاد تنظیمگر هوشمند و همافزا با دستگاههای حاکمیتی کشور در حوزه بهرهوری خواهد بود. سازمان در افق چشمانداز واجد ویژگیهای ذیل میباشد: